Árið 1983 fengu tveir ungir menn í ferðabransanum hugmynd af því að halda maraþon í Reykjavík með það að markmiði að fá fleiri ferðamenn til Íslands. Þetta voru þeir Knútur Óskarsson sem þá starfaði hjá Úrvali og Steinn Lárusson hjá Flugleiðum. Hugmyndin varð að veruleika og var fyrsta hlaupið haldið árið 1984.
Alls voru 214 skráðir til þátttöku fyrsta árið, 135 Íslendingar og 79 frá öðrum löndum. Síðan þá hefur þátttakendum fjölgað svo um munar. Aldrei hafa fleiri tekið þátt en í 31.hlaupinu árið 2014 en þá voru skráðir þátttakendur 15.552 talsins. Sjá nánar undir tölfræði.
Frá árinu 2003 hefur Reykjavíkurmaraþon verið í umsjón Íþróttabandalags Reykjavíkur sem eru samtök íþróttafélaganna í Reykjavík. Innan Íþróttabandalagsins eru rúmlega 70 íþróttafélög. Þeir 600 starfsmenn sem koma að framkvæmd Reykjavíkurmaraþons koma flestir úr íþróttafélögunum í Reykjavík.
Margir frægir hlauparar hafa tekið þátt í Reykjavíkurmaraþoninu í gegnum árin. Má þar nefna Stefano Baldini, Frank Shorter, Hugh Jones, Grete Waitz, Waldemar Cierpinski and Fred Lebow.
Frá árinu 2007 hefur þátttakendum í Reykjavíkurmaraþoni boðist að hlaupa til styrktar góðu málefni. Meira en hundrað góðgerðafélög taka þátt í áheitasöfnuninni ár hvert og hefur safnað fé aukist frá ári til árs. Hér má finna nánari upplýsingar um sögu áheitasöfnunarinnar.
